Gesundheit

CRG vereinheitlicht COVID-19-Daten-Analyse zur Unterstützung internationaler Forschungsvorhaben

Forscher von der Mitte für Genomische Regelung (CRG) wurden eingeführt, eine neue Datenbank zur Förderung der internationalen Forschungs-Bemühungen das Studium COVID-19.

Die öffentlich verfügbaren, kostenlosen Ressourcen verwenden (covid.crg.eu) eingesetzt werden können, die von Forschern aus der ganzen Welt, um zu studieren, wie sich verschiedene Variationen des virus zu wachsen, mutieren und Proteine machen.

„Die Wissenschaftler arbeiten rund um die Uhr, um zu verstehen, SARS-CoV-2, das virus verursacht COVID-19, so, dass wir finden Ihre Schwachstellen und schlagen Sie es. Eine riesige Menge von wissenschaftlichen Daten, die veröffentlicht wird auf der ganzen Welt“, sagt Eva Novoa, ein Forscher am CRG in Barcelona.

„Aber einige der Technologien, die wir verwenden, um zu studieren SARS-CoV-2, wie nanopore-RNA-Sequenzierung, sind so neu, dass die Ergebnisse von einem Papier nicht vergleichbar mit anderen aufgrund der Flickenteppich unterschiedlicher standards und Methoden verwendet. Nehmen wir alle diese Daten und analysieren Sie, so dass es erfüllt einen eher universell vergleichbaren standard. Dies wird den Forschern helfen, mehr schnell und präzise vor Ort die stärken und Schwächen des coronavirus.“

Um zu verstehen, wie das coronavirus, wächst, mutiert und sich in Wiederholungen, die Wissenschaftler haben, um die Sequenz der RNA COVID-19. Die RNA-Sequenz zeigt wichtige Informationen über die Proteine, die das virus macht dringen in menschliche Zellen ein und vermehren, die wiederum informiert die Regierungen auf die Infektiosität und Schweregrad der Pandemie.

Traditionelles sequencing-Werkzeugen kann eine lange Zeit dauern, um Ergebnisse zu liefern. In den letzten Jahren wird die Sequenzierung von Daten in Echtzeit ist Wirklichkeit geworden, Dank der Verwendung von nanopore-sequencing-Technologien, die revolutioniert die Genomik-Forschung und-Epidemie monitoring. Nanopore-Sequenzierung bietet Wissenschaftlern und Klinikern mit unmittelbarer Zugriff auf die DNA-und RNA-Sequenz, die Informationen, die von jeder lebenden Zelle in Echtzeit, ermöglicht eine schnelle Reaktion gegen die Bedrohung einer Pandemie.

Die raw-Daten produziert durch die nanopore-Sequenzierung ist sehr Komplex. Wissenschaftler und Kliniker derzeit fehlen systematische Richtlinien für die reproduzierbare Analyse der Daten, sondern beschränkt sich das enorme potential des im entstehen begriffenen Technologie.

Die Standardisierung der Analyse von öffentlich verfügbaren SARS-CoV-2 nanopore-sequencing-Daten, Forscher am Centre for Genomic Regulation (CRG) in Barcelona sind mit MasterOfPores ein computer-Programm, entwickelt von der Gruppe von Eva Novoa und CRG Bioinformatik-Einheit. Die software wurde erstmals beschrieben in der letzten Woche in Grenzen in der Genetik.

„Das internet und eine zunehmende Kultur der offenen Wissenschaft, Datenaustausch und preprints haben sich die Forschungslandschaft. Infrastruktur würde Monate dauern, um bis zu Forschung und emerging virus kann nun getan werden in nur wenigen Tagen aufgrund neuer wissenschaftlich-computing-Ansätze“, sagt Julia Ponomarenko, Leiter der Bioinformatik-Einheit am CRG.